종합부동산세는 매년 6월 1일 기준으로 정해지고 12월에 고지됩니다. 그런데 그 사이 9월에 딱 15일간 열리는 창구가 있습니다. 합산배제와 과세특례 신고입니다.

이 신고를 하면 임대주택을 종부세 계산에서 아예 빼거나, 부부 공동명의 1주택자가 단독명의처럼 공제를 받거나, 일시적 2주택인데도 1세대 1주택자로 인정받을 수 있습니다. 반대로 놓치면 그 해 종부세를 그대로 다 내야 합니다. 12월 고지서를 받고 나서는 되돌릴 방법이 마땅치 않습니다.

핵심 요약

  • 신고 기간: 매년 9월 16일부터 9월 30일까지 (2026년은 수요일에 시작해 수요일에 마감)
  • 합산배제: 임대주택·사원용주택 등을 종부세 과세대상에서 제외
  • 과세특례: 부부 공동명의 1주택자 특례 + 주택 수 산정 제외(일시적 2주택·상속주택·지방 저가주택)
  • 한 번 신고하면 끝: 변동이 없으면 다음 해부터 자동 적용
  • 합산배제 후 남는 주택의 세액이 궁금하면 종부세 금액별 조견표 참고

2026년 신고 기간과 일정 주의점

구분날짜
과세기준일2026년 6월 1일 (월)
합산배제·과세특례 신고2026년 9월 16일 (수) ~ 9월 30일 (수)
추석 연휴9월 24일 (목) ~ 9월 27일 (일)
종부세 고지·납부12월

올해 신고 기간은 추석 연휴와 겹칩니다. 15일 중 나흘이 연휴라 실제 업무일은 열흘 정도로 줄어듭니다. 홈택스 전자신고는 연휴에도 열려 있지만, 임대사업자 등록증이나 임대차계약서 같은 서류를 새로 준비해야 한다면 9월 23일 전에 마쳐두는 편이 안전합니다.

한 가지 더. 임대사업자 등록을 아직 안 했더라도, 신고기간 종료일인 9월 30일까지 사업자등록을 마치면 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로 등록한 것으로 봅니다. 6월 1일에 등록이 안 돼 있었다고 포기하지 않아도 됩니다.

합산배제와 과세특례, 뭐가 다른가요

이름이 비슷해서 헷갈리는데 성격이 완전히 다릅니다.

구분합산배제과세특례
하는 일특정 주택을 과세대상에서 아예 제외세금 계산 방식을 유리하게 변경
주요 대상임대주택, 사원용주택 등부부 공동명의 1주택자, 일시적 2주택·상속·지방 저가주택 보유자
누가 쓰나임대사업자, 법인·사업자일반 개인, 특히 1주택자

임대사업자라면 합산배제를, 집 한 채를 부부 공동명의로 갖고 있거나 이사·상속으로 잠깐 2주택이 됐다면 과세특례를 보면 됩니다. 신고 기간과 창구는 같습니다.

합산배제 — 어떤 주택이 빠지나

임대주택 (등록 시기·유형별 요건)

임대주택은 언제 어떤 유형으로 등록했느냐에 따라 요건이 다릅니다.

유형전용면적주택 수공시가격임대기간
공공건설·구 민간건설 (2018.3.31. 이전 등록)149㎡ 이하시·도별 2호 이상9억 원 이하5년 이상
공공매입·구 민간매입 (2018.3.31. 이전 등록)제한 없음전국 1호 이상6억 원 이하 (수도권 밖 3억 원 이하)5년 이상
기존임대 (2005.1.5. 이전 등록)85㎡ 이하 (수도권 제외 지역 100㎡)전국 2호 이상3억 원 이하 (2005년 공시가격 기준)5년 이상
민간건설 미임대주택149㎡ 이하—9억 원 이하사용승인 후 2년 이내 미임대

공공건설·구 민간건설 유형의 공시가격 요건에는 예외가 있습니다. 건축법상 사용승인이 2021년 2월 16일 이전이면 6억 원 이하, 30호 이상이면 12억 원 이하가 적용됩니다. 공공매입·구 민간매입도 30호 이상이면 9억 원 이하(수도권 밖 6억 원 이하)로 완화됩니다.

임대료 요건도 있습니다. 임대료 증가율은 5% 이하여야 하고, 한 번 올린 뒤 1년 안에 다시 올릴 수 없습니다. 5% 상한 계산은 임대료 인상률 계산기로 확인하세요.

그 밖의 합산배제 대상

  • 사원용주택 등 — 종업원에게 무상이나 저가로 제공하는 국민주택 규모 주택, 기숙사
  • 주택신축용 토지 — 주택을 지으려고 취득한 토지 (별도 신고 메뉴)
  • 향교·종교단체 소유 주택

⚠️ 요건을 어기면 추징됩니다

합산배제는 신고했다고 끝이 아닙니다. 의무 임대기간을 채우지 못하거나 임대료 상한을 어기면 그동안 감면받은 종합부동산세액에 이자상당가산액까지 붙어 추징됩니다.

특히 등록임대는 의무기간이 길고 중도 해지가 자유롭지 않습니다. 혜택만 보고 등록하기 전에 임대사업자 등록 장단점에서 의무 사항을 먼저 확인하시기 바랍니다.

과세특례 ① 부부 공동명의 1주택자 — 신청이 늘 유리하지는 않습니다

이 부분이 실무에서 가장 많이 놓치는 지점입니다.

집 한 채를 부부가 공동명의로 갖고 있으면 선택지가 둘입니다.

특례를 신청하지 않으면특례를 신청하면
납세의무자부부 각자지분율이 큰 사람 (같으면 선택)
기본공제각자 9억 원 = 합계 18억 원12억 원
고령자·장기보유 세액공제적용 안 됨적용 됨 (최대 80%)

공제 총액만 보면 신청하지 않는 쪽이 18억 원으로 더 큽니다. 대신 세액공제를 못 받습니다. 반대로 신청하면 공제는 12억 원으로 줄지만 세액공제가 붙습니다. 어느 쪽이 유리한지는 나이와 보유 기간에 달려 있습니다.

세액공제율표

연령공제율보유기간공제율
60세 이상20%5년 이상20%
65세 이상30%10년 이상40%
70세 이상40%15년 이상50%

두 공제는 합산되며, 합쳐서 최대 80% 까지 적용됩니다.

케이스별 비교 (공정시장가액비율 60% 기준 간이 계산)

케이스 A. 공시가격 30억 원 · 70세 · 15년 보유 → 세액공제 80%

세액
미신청 (각자 9억 공제)384만 원
특례 신청 (12억 공제 + 80% 공제)168만 원

→ 특례 신청이 216만 원 유리합니다.

케이스 B. 공시가격 20억 원 · 55세 · 3년 보유 → 세액공제 0%

세액
미신청 (각자 9억 공제)60만 원
특례 신청 (12억 공제 + 공제 없음)276만 원

→ 이 경우는 미신청이 216만 원 유리합니다. 신청했다면 오히려 손해를 봅니다.

케이스 C. 공시가격 20억 원 · 70세 · 15년 보유 → 세액공제 80%

세액
미신청60만 원
특례 신청55만 2천 원

→ 차이가 5만 원 수준으로 거의 없습니다. 이런 구간에서는 어느 쪽이든 큰 차이가 없습니다.

정리하면 이렇습니다.

  • 세액공제율이 높을수록(고령·장기보유) 특례 신청이 유리합니다
  • 공시가격이 높을수록 특례 신청 쪽의 이득이 커집니다
  • 젊고 보유 기간이 짧다면 신청하지 않는 편이 유리한 경우가 많습니다

위 숫자는 공정시장가액비율 60%를 적용한 간이 계산이며, 재산세 중복분 공제나 세부담상한은 반영하지 않았습니다. 본인 상황의 정확한 금액은 종합부동산세 계산기로 두 경우를 각각 계산해 비교해 보시기 바랍니다.

과세특례 ② 주택 수 산정 제외 — 2주택이어도 1주택자로

집이 두 채가 됐다고 무조건 1세대 1주택 혜택이 날아가는 것은 아닙니다. 아래 세 가지는 신청하면 주택 수에서 빼줍니다.

특례요건
일시적 2주택과세기준일(6월 1일) 현재 신규주택 취득일부터 3년이 지나지 않은 경우
상속주택상속개시일부터 5년이 지나지 않은 주택. 5년이 지났더라도 지분율 40% 이하 이거나 지분 상당 공시가격이 6억 원 이하 인 경우(수도권 밖 3억 원 이하)에는 계속 인정
지방 저가주택공시가격 4억 원 이하이면서, 수도권 밖 광역시·세종시의 읍·면 지역 또는 경기 가평·연천군, 인천 강화·옹진군에 있는 주택

⚠️ 일시적 2주택 기간 — 세목별·시기별로 다릅니다

일시적 2주택 처분기한은 세제개편안에서 3년에서 2년으로 단축되는데, 세목마다 적용 시점이 다릅니다.

세목올해 기준단축 후단축 적용 시점
종부세 1세대 1주택 판정3년2년2026년 8월 4일 이후 취득 + 2027년 6월 1일 기준분부터
양도세 비과세 특례 처분기한3년2년2026년 8월 4일 이후 취득 + 10월 1일 이후 양도분부터

올해 9월 신고는 종부세 기준 3년으로 판단하면 됩니다. 2026년 6월 1일 기준분에는 아직 단축이 적용되지 않기 때문입니다.

문제는 양도세입니다. 양도세 쪽은 10월 1일 양도분부터 2년이 적용되므로, 종부세만 보고 “3년 남았다”고 계획을 세웠다가 양도세 비과세를 놓칠 수 있습니다. 다만 2026년 8월 3일 이전에 취득했거나 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우에는 종전 3년이 그대로 적용됩니다.

갈아타기를 진행 중이라면 2026 세제개편안 부동산 총정리에서 취득 시점별 적용 기준을 확인하시고, 본인 케이스 판정은 양도세 비과세·중과 판정기를 이용해 보세요.

신고 방법과 재신고 규칙

신고 방법

  • 홈택스 전자신고 — 신고/납부 메뉴의 종합부동산세 합산배제·과세특례 신고 항목에서 제출
  • 서면 신고 — 「합산배제(변동)신고서」 또는 「1세대 1주택자 판단 시 주택 수 산정 제외 신청서」를 관할세무서에 제출

한 번 신고하면 계속 적용됩니다

최초 신고 다음 연도부터는 변동이 없으면 다시 신고하지 않아도 됩니다. 임대주택의 소유권이나 전용면적이 그대로라면 자동으로 이어집니다.

다만 아래에 해당하면 변동 신고를 해야 합니다.

  • 합산배제 대상 주택을 새로 추가하거나 처분했을 때
  • 전용면적·소유 지분이 바뀌었을 때
  • 임대사업자 등록을 말소했거나 요건을 더는 충족하지 못하게 됐을 때
  • 부부 공동명의 특례에서 납세의무자를 바꾸고 싶을 때

변동이 생겼는데 신고하지 않으면 나중에 추징 대상이 됩니다. 매년 8월 말쯤 본인 상황에 변화가 있었는지 한 번 점검하는 습관을 들이면 좋습니다.

2027년부터는 기준이 바뀝니다 (정부안)

2026년 8월 3일 발표된 세제개편안에는 종부세 체계를 주택 수 대신 가액 중심으로 바꾸는 내용이 담겼습니다. 1세대 1주택 기본공제도 실거주 여부에 따라 거주 14억 원 / 비거주 9억 원으로 나뉩니다.

다만 이는 국회 통과 전 정부안입니다. 통과를 전제로 2027년 6월 1일 기준분부터 단계 시행됩니다.

올해 9월 신고는 현행 기준으로 하시면 됩니다. 공시가격 12억 원 공제, 공정시장가액비율 60%, 지금의 세율표가 그대로 적용됩니다. 다만 등록임대 사업자라면 조정대상지역 매입임대 아파트의 양도세 우대가 2028년 양도분부터 단계적으로 축소되는 내용이 포함돼 있으니, 장기 계획은 다시 짚어볼 필요가 있습니다. 자세한 내용은 2026 세제개편안 부동산 총정리에 정리해 두었습니다.

신고 전 체크리스트

  • 내가 합산배제 대상인지 확인 (임대주택·사원용주택 등 보유)
  • 임대주택이라면 등록 시기·유형별 요건(면적·주택 수·공시가격·임대기간) 충족 여부 확인
  • 임대료 증가율 5% 이하, 1년 내 재증액 없음 확인
  • 부부 공동명의 1주택이라면 신청 / 미신청 두 경우를 계산해 비교
  • 일시적 2주택·상속주택·지방 저가주택 해당 여부 확인
  • 작년에 신고했다면 올해 변동 사항이 있는지 점검
  • 추석 연휴 전(9월 23일까지) 서류 준비 완료
  • 홈택스에서 9월 16일부터 30일 사이 신고 제출

마무리

종부세 합산배제·과세특례 신고는 1년에 딱 15일 열립니다. 그 15일이 12월 고지서의 금액을 크게 바꿉니다.

특히 부부 공동명의 1주택자라면 신청이 늘 유리하지 않다는 점을 기억하시기 바랍니다. 세액공제율이 낮은 구간에서는 오히려 신청하지 않는 편이 나은 경우가 있습니다. 두 경우를 각각 계산해 보고 결정하시면 됩니다.

임대사업자라면 신고 자체보다 요건 유지가 더 중요합니다. 합산배제는 받았다가 요건을 어기면 이자까지 붙어 되돌아옵니다.

함께 읽으면 좋은 글